El Ejecutivo presidido por el luxemburgués Jacques Santer tiró la toalla en la madrugada del 16 de marzo, sólo unas horas después de que se hiciera público un informe de un comité de sabios formado por el Parlamento Europeo para determinar si se habían producido irregularidades en la gestión de las cuentas.
Europa amaneció sin gobierno justo diez días antes de la cumbre de Berlín del 23 de marzo, en la que los Quince debían cerrar las difíciles negociaciones sobre la 'Agenda 2000', el marco presupuestario de la UE para el periodo 2000-2006.
Bajo la batuta del canciller alemán, Gerhard Schröder, y el telón de fondo del inicio de la guerra de Kosovo, los mandatarios europeos decidieron zanjar la crisis nada más reunirse en Berlín y nombraron nuevo presidente de la Comisión Europea al único ex primer ministro disponible en ese momento, el italiano Romano Prodi.
Sin embargo, el nombramiento de este boloñés, artífice de la entrada en el euro de Italia, no aceleró el fin de la crisis. Las elecciones provocaron, por primera vez en 20 años, un cambio de mayoría. El grupo Popular Europeo (PPE) se convirtió en primera fuerza de la asamblea, a pesar de que sólo en España y Luxemburgo gobiernan partidos adscritos a esta formación de centro-derecha.
Tras varios pulsos con los nuevos eurodiputados, que arrancaron la posibilidad de la dimisión individual de un comisario si se ve envuelto en casos de fraude, el equipo Prodi consiguió la investidura en el pleno de Estrasburgo por 414 votos a favor por 142 en contra y 35 abstenciones el 15 de septiembre.
Antes, los eurodiputados volvieron a mostrar su poder en la serie de audiencias públicas en las que examinaron con ahínco, al estilo del Senado de EE. UU., a los 20 miembros de la Comisión; entre ellos a sus miembros españoles, la vicepresidenta y responsable de las carteras de Transportes y Energía, Loyola de Palacio, y el comisario de Economía, Pedro Solbes.
Con mejor o peor nota todos pasaron el trámite y la nueva Comisión Europea comenzó a ejercer sus funciones después de seis meses de transición que paralizaron a la Unión con promesas de reforma para que no se repitan los casos de fraude.
Cien días después, el equipo Prodi ha vuelto a poner en marcha una Unión Europea que afrontará una nueva reforma en el 2000 para acoger a 13 países más, entre ellos Turquía, en los próximos años para terminar con cinco décadas de división del continente.